Минфин РФ в своем письме № разъясняет, имеет ли место при выплате выбывающему участнику общества его доли, двойное налогообложение, а именно - первый раз при выкупе имущества (ведь денежные средства под выкуп имущества выделялись с заработной платы физлица, где все налоги удерживались), второй раз при получении своей доли имущества.
В письме отмечается, что пунктом 1 НК РФ установлено, что при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со Кодекса.
В соответствии со статьей 26 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» (в редакции, действовавшей до 01.07.2009) в случае выхода участника общества из общества его доля переходит к обществу, при этом общество обязано выплатить участнику общества, подавшему заявление о выходе из общества, действительную стоимость его доли.
Таким образом, при выходе участника из общества, возникает доход в виде выплачиваемой действительной стоимости доли, подлежащий налогообложению НДФЛ.
При этом двойного налогообложения в данном случае не возникает поскольку различны виды подлежащего налогообложению дохода.